财政部要求，水利项目要执行政府采购法和招标投标法相关规定，项目实施完毕后，要及时组织验收、竣工财务决算审核审批，检查、抽查、验收不合格的项目必须限期整改，有条件的地方，还可以引入专业机构参与项目管理与绩效评价。

　　尽管财政部表示，发布此文件是为减少财政资金使用过程中存在的数据不实、支出缓慢、虚假立项、骗取套取、挤占挪用资金等行为，但实际上水利资金在使用过程中已多次出现问题。如审计署于2010年底至2011年初，对辽宁、黑龙江等地区的农业基础设施建设资金管理使用情况进行抽查审计，发现审计调查40个县中就有12个县17个农田水利项目存在虚假招标或未招标的问题，涉及资金1.32亿元。

　　在中国社科院农村发展研究所研究员李国祥看来，水利资金使用之所以频繁出现问题源于其自身分配问题。他指出，水利资金投资和管理都存在难度，不少地方财政困难地区皆以水利建设名义申请资金，但申请资金只有少部分被用去水利建设。

　　李国祥建议，要根本上杜绝资金被滥用，还应该改变水利资金分配方式，减少各部门在水利资金使用过程中出现的寻租机会，让资金使用达到专款专用，避免资金滥用。